Los órganos de gobierno del CEDEPAS Norte lo constituyen la Asamblea de Asociados, el Consejo Directivo y las Direcciones Ejecutivas de Filiales, cuyas funciones están claramente definidas y detalladas en los Estatutos en el Título III y el Manual de Organización y Funciones. Siendo el máximo órgano de gobierno la Asamblea de Asociados; el Consejo Directivo por su parte, tiene la función de dirigir la implementación de las políticas y estrategias institucionales, la organización y asignación de acciones estratégicas y tareas, asegurando el logro de la misión y objetivos estratégicos.
Una práctica democrática de gestión, es el funcionamiento periódico del Consejo Directivo Ampliado, integrado además de los asociados y Directores Ejecutivos de Filiales, por los Coordinadores Territoriales y Responsables de Unidades de Apoyo de cada filial. Las unidades de apoyo, están constituidos por los Coordinadores de la Unidad de Gestión Estratégica y la Unidad Administrativa. Las funciones y organización interna de cada unidad se encuentran detalladas en el Manual de Organización y Funciones. Cabe resaltar, que es prioridad poner el funcionamiento la Sección de Recursos Humanos- Unidad de Administración, encargada de diseñar, implementar y evaluar la política de recursos humanos y el sistema de gestión del potencial humano basado en un enfoque de gestión por competencias.
Las Filiales, constituyen instancias orgánicas descentralizadas de gestión territorial, las cuales gozan de autonomía funcional, sujetándose a las políticas y lineamientos generales, tienen la de función ejecutar la misión y objetivos estratégicos en zonas específicas de su ámbito de intervención. Las Direcciones Ejecutivas de Filial son responsables de la implementación articulada de los programas temáticos en el territorio de su competencia. Los programas temáticos constituyen la implementación de la misión y estructuran los lineamientos centrales del trabajo del CEDEPAS Norte a través de los cuales se desarrolla y brindan servicios especializados a cada grupo destinatario. Es función de cada Director Ejecutivo de Filial asumir la coordinación institucional de uno de los programas temáticos. De acuerdo con la estructura de presupuesto del CEDEPAS Norte, los costos de funcionamiento que implican esta organización, serán financiados con recursos generados por el CEDEPAS Norte y el EED.
